A ditadura militar, implantada no país em março de 1964, atingiu em cheio a continuidade democrática do projeto político do Sindicato, que vinha desde o fim da intervenção do governo Dutra em 1951. De 1964 a 1967, apesar das cassações e intervenções, acreditava-se no retorno à democracia.

Porém, ao golpe de 1964 seguiu-se o AI-5, em 1968, quando os militares acabaram com qualquer esperança de democracia. Muitos que se opunham ao regime foram presos, torturados e assassinados. Esse foi o período de maior intimidação do Sindicato, que ficou impedido de agir, pois a ditadura interveio e nomeou uma nova diretoria.

Essa fase de terror durou até 1974, quando deu-se o início da abertura “lenta, gradual e segura”, decretada pelo general Geisel, que terminou em 1987 com a Nova República. De 1975 a 1979 nasce a esperança com a entrada do Sindicato na reorganização do movimento sindical bancário em todo o país. De 1980 a 1987 nasce uma nova tendência na entidade, no embalo do Novo Sindicalismo surgido no ABC paulista e comprometida com a liberdade e autonomia sindical. Nesse período cresce a luta política comprometida com a conquista de melhores salários com destaque para a greve de 1985, que fez nascer novas lideranças forjadas no embate dessa luta.

Durante a ditadura militar, o Sindicato enfrentou as suas piores crises administrativas e de legitimidade, ao ser duramente atingido pela repressão e pelos expurgos de suas principais lideranças. Mas mesmo assim manteve-se vivo na luta construindo a reação que se concretizou em 1987.

Apesar da desarticulação política provocada pela ferrenha repressão dos militares e das raras greves do período, o Sindicato nunca perdeu a vontade de lutar, mesmo nos momentos mais difíceis. Parte dessa vontade desviou-se para a ação assistencialista, que aumentou os serviços prestados e exigiu mais eficiência institucional. Mesmo enfraquecida, a ação política de luta por salários e proteção ao trabalho procurou se recompor para, no final desse período, ser o principal motor das transformações por que passariam futuramente a entidade.